No existe ninguna limitación técnica para guardar tu lógica de negocio fuera de cualquier bundle. Así que si lo prefieres, puedes crear tu propio namespace dentro del directorio src/ y organizar el código de esa manera:
symfony2-project/ ├─ app/ ├─ src/ │ ├─ Acme/ │ │ └─ Utils/ │ │ └─ MyClass.php │ └─ AppBundle/ ├─ vendor/ └─ web/
Truco La recomendación de utilizar el bundle AppBundle es para que todo sea más sencillo de gestionar. Si tienes la experiencia suficiente como para decidir lo que tiene que colocarse dentro o fuera del bundle, entonces deberías dejarte guiar por tu propia experiencia.