menu de navegacion con bootstrap

Una pregunta. ¿Porqué todos los archivos de una web diseñada con bootstrap tienen que estar en la carpeta raíz para que funcione la barra de navegación? La web que estoy diseñando tiene un montón de archivos y necesitaría crear carpetas y subcarpetas con documentos html para tenerlo todo ordenado... pero entonces no funciona el menú de navegación con los desplegables. Alguien podría explicarme como solucionarlo. Muchas Gracias.