Problema con las primary keys al hacer update en una tabla

Estoy intentando actualizar una tabla que están relacionada con otra por el método manytomany bidireccional, están asociadas en una tabla llamada padres_alumnos, el problema es que cuando intento actualizar los datos de entidad Alumnos me dice que las claves primarias de la tabla padres_alumnos están repetidas y claro me es imposible actualizarlas. A ver si alguien me puede echar una mano.

manyToMany: user: targetEntity: User inversedBy: alumno joinTable: name: padres_alumnos joinColumns: alumno_id: referencedColumnName: id inverseJoinColumns: user_id: referencedColumnName: id

manyToMany: alumno: targetEntity: Alumno mappedBy: user